Op de afdeling parasitologie wordt gebruik gemaakt van microscopisch onderzoek.

Er worden verschillende technieken gebruikt om bijvoorbeeld wormeieren en oöcysten (coccidiose) te isoleren. Met de McMaster techniek kunnen tellingen verricht worden die iets zeggen over het infectieniveau binnen een dier of koppel dieren. Ook uitwendige parasieten kunnen op deze afdeling opgespoord en/of geteld worden. Denk aan huidafkrabsels en vachtmonsters, maar ook aan vogelmijttellingen voor pluimvee(bedrijven).