De onderzoeken die binnen deze afdeling verricht worden zijn zeer divers. Het aantonen van bacteriën staat hierbij centraal, waarbij gebruik gemaakt wordt van specifieke groei eigenschappen van verschillende bacteriesoorten. Vanuit allerlei monstermaterialen, zoals mest, eieren, organen, water, melk, abcessen, swabs etc., kunnen bacteriën aangetoond worden. Daarnaast kan kwantificering plaatsvinden en worden gevoeligheidstesten uitgevoerd om zieke dieren gericht te kunnen behandelen.

Voorbeelden van onderzoeken die op de afdeling bacteriologie worden uitgevoerd:
• Salmonella onderzoek (NEN-EN-ISO/IEC 17025:2017)
• Campylobacter onderzoek
• Algemene bacteriologie bij ziekteproblemen (Escherichia coli, Enterococcus, Staphylococcus, Pseudomonas, Klebsiella, Pasteurella etc.)
• ESBL en MRSA onderzoek
• Gevoeligheidsbepaling/antibiogram
• Kiemtellingen (water, eieren, bijvoer etc.)
• Hygiëneonderzoeken (HOSOWO)
• (Sero)typering van bacteriën (E. coli, Salmonella, Enterococcus etc.)
• Schimmels- en gistenonderzoek
• …etc.